1944년 폴란드에서 매그니토가 어린 시절 나치 수용소에 끌려가며 초능력이 각성된다. 현대에 들어 돌연변이 등록법을 둘러싼 정치적 갈등이 심화되고, 매그니토는 인간을 증오하며 돌연변이 우위를 주장한다. 캐나다에서 싸움꾼으로 살아가던 로건(울버린)은 매그니토의 부하 세이버투스에게 습격당한 뒤, 찰스 사비에 교수가 운영하는 돌연변이 영재학교에 구조된다. 학교에서 로건은 사이클롭스, 스톰, 진 그레이 등 엑스맨과 만나며 자신의 과거와 아다만티움 골격, 재생 능력의 비밀을 찾으려 한다. 매그니토는 자유의 여신상에 설치한 기계로 UN 정상들을 돌연변이로 변이시키려 하고, 이를 위해 로그의 흡수 능력을 이용하려 한다. 엑스맨은 세레브로로 매그니토의 위치를 추적하고, 자유의 여신상에서 매그니토 일당과 격돌한다. 스톰의 번개와 사이클롭스의 광선으로 매그니토를 제압하고, 로그를 구출해 기계 작동을 저지한다. 매그니토는 체포되고, 로건은 과거 단서를 찾아 캐나다 군사기지로 떠난다.
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