1944년 폴란드에서 시작된 돌연변이 이야기는 2000년대 미국으로 이어진다. 매그니토는 돌연변이 등록법에 반대하며 인간을 적대시하고, 로건은 자신의 과거를 찾아 떠돌다 자비에 교수가 운영하는 돌연변이 학교에 합류한다. 로그는 접촉만으로 힘을 빼앗는 능력 때문에 두려움 속에 지내고, 매그니토는 그녀를 이용해 자유의 여신상에 숨겨진 기계를 작동시키려 한다. 기계는 정상 회담 참석 지도자들을 돌연변이로 변이시키려는 무기다. 엑스맨은 스톰, 사이클롭스, 진과 함께 여신상으로 향하고, 로건은 매그니토와 세이버투스와 싸운다. 결국 로그는 기계에서 구출되고, 매그니토는 플라스틱 감옥에 갇힌다. 로건은 캐나다 군사기지에서 자신의 과거 단서를 찾아 떠난다.
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