생화학전으로 황폐화된 지구에서 UFB와 콜로니만이 남았다. 콜로니 노동자 더그 퀘이드는 매일 폴을 타고 UFB로 출근하며 평범한 삶을 산다. 어느 날 폭탄 테러가 발생하고, 더그는 리콜사에서 기억을 심어달라고 한다. 그러나 리콜사에서 경찰이 들이닥치고, 더그는 자신도 모르게 경찰들을 제압한다. 아내 로리가 사실은 연방 요원이었고, 더그의 정체는 정보국 출신 저항군 요원 칼 하우저였다. 더그는 과거 자신에게 남겨진 홀로그램 메시지를 통해 자신이 마티아스의 딸 멜리나와 함께 저항군을 돕기로 했음을 알게 된다. 수상 코하겐은 콜로니를 침공하기 위해 저항군을 제거하려 하고, 더그는 킬링 코드를 찾아내기 위해 UFB로 향한다. 결국 더그는 마티아스를 만나 저항군에 합류하고, 코하겐의 음모를 저지하기 위해 드로이드들을 무력화시키는 코드를 찾으려 한다. 코하겐은 더그의 기억을 지우려 하지만, 더그는 저항군과 함께 코하겐의 군대를 막아내고 콜로니의 독립을 위한 싸움을 이어간다.
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