웨이랜드 유타니 소유의 C급 교도소 퓨리 161행성에 구명선이 불시착한다. 유일한 생존자 리플리 중위는 의식불명 상태로 발견되고, 동승했던 힉스 상병과 어린 소녀는 사망한다. 리플리는 회복 후 동료들의 죽음이 단순한 사고가 아님을 직감하고, 시체 부검을 통해 에일리언의 존재를 확신한다. 교도소 내 25명의 Y염색체 이상 죄수들은 종교 공동체를 이루고 있었으나, 에일리언이 통풍구를 통해 나타나 죄수들을 잔인하게 살해하기 시작한다. 리플리와 의무관 클레멘스, 죄수 지도자 딜런은 무기가 전혀 없는 상황에서 에일리언을 핵폐기물 저장고로 유인해 소각하려는 계획을 세운다. 그러나 회사는 에일리언을 생포해 무기로 삼으려 하고, 구조대가 도착하기 전 죄수들은 에일리언과의 사투에서 대부분 목숨을 잃는다. 결국 리플리는 에일리언의 산성 피를 이용해 자신을 핵용광로에 뛰어들어, 에일리언과 함께 최후를 맞이한다.
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